可逆性地在蛋白质上添加磷酸基对真核细胞信号转导起着重要作用，蛋白磷酸化和去磷酸化参与调节细胞活动的各个方面。随着已知蛋白激酶数量飞速增长，确定细胞中哪种蛋白激酶与哪种底物相互作用就变得更具挑战性。通过对比磷酸化位点的氨基酸序列与已知底物序列来找到的共有磷酸化位点序列已被证实是一种有效方法，这些序列有助于预测潜在的蛋白质底物中特定蛋白激酶磷酸化位点。
由于决定蛋白激酶特异性涉及复杂的三维结构，这些较短的氨基酸序列只描述了磷酸基接受位点周围的一级结构，因此把问题简单化了（见综述 1），没有考虑到二级及三级结构，也没有考虑到其它多肽链或者同链中位置稍远处的因素，此外，在特定序列中并不是所有残基对于激酶的识别及磷酸化具有同等影响，因此，使用这些序列时应该慎重。
另一方面，这些共有序列已经被证实是识别的关键序列，简单化了的序列使得它们在研究蛋白激酶与其底物中更有用。基于共有序列合成的寡肽，除了能预测磷酸化位点以外，往往还是蛋白激酶活性测定的理想底物。
下表列出了 NEB 提供的蛋白激酶特异性序列，磷酸基接受位点用红色标出，可以进行功能替换的氨基酸用斜杠（/）标出，对识别贡献不大的氨基酸用“X”表示。
某些蛋白激酶在它们的识别序列中包括磷酸氨基酸残基，被称为“hierarchical”白激酶（见综述 3），如：CKI 和 GSK-3。它们通常需要另一个激酶预先在它们自己的磷酸化位点附近磷酸化，S（P）表示这种预先存在的丝氨酸残基。
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D = 天门冬氨酸，E = 谷氨酸，K = 赖氨酸，R = 精氨酸，S = 丝氨酸，T = 苏氨酸，Y = 酪氨酸，X = 任意氨基酸
注意：更多有关每种蛋白激酶的位点识别决定因素请登陆 www.neb-china.com，www.neb.com 查阅产品介绍。
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