NEBNext® ARTIC SARS-CoV-2 文库制备试剂盒（适用于 Illumina 平台）

• 简化、高效的操作流程

使用 NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 配套试剂盒（Oxford Nanopore Technologies），完全覆盖基因组所需的 Reads 数更少。基因组数据可视化图（IGV）显示了 SARS-CoV-2 基因组的覆盖度。起始样本是 100 ng 人类通用参考 RNA（ThermoFisher QS0639）中的 1000 份 SARS-CoV-2 病毒 gRNA 拷贝（ATCC VR-1986 和 VR-1991）。分别使用两种引物对起始样本进行多重扩增子扩增：IDT ARTIC nCoV-2019 V3 Panel（“Standard”）和 NEBNext 已平衡的 ARTIC SARS-CoV-2 引物池。所使用的建库试剂盒如下：NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 配套试剂盒（Oxford Nanopore Technologies）、Oxford Nanopore Technologies Native Barcoding Expansion kits 1-12（EXP-NBD104）、13-24 (EXP-NBD114)、Ligation Sequencing Kit（EXP-NBD114）、Ligation Sequencing Kit（SQK-LSK109）和 SFB Expansion Kit（EXP-SFB001）。使用 R9.4.1 flow cells 在 GridION 仪器上进行测序，并使用 ARTIC Network nCoV-19 生物信息流程分析数据。

使用 NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 配套试剂盒（Oxford Nanopore Technologies）提高基因组覆盖度。如图所示，起始样本是 100 ng 人类通用参考 RNA（ThermoFisher QS0639）中的 1000 份 SARS-CoV-2 病毒 gRNA 拷贝（ATCC VR-1991）。分别使用两种引物对起始样本进行多重扩增子扩增：IDT ARTIC nCoV-2019 V3 Panel 和 NEBNext 已平衡的 ARTIC SARS-CoV-2 引物池。操作流程也分别使用两种：标准操作流程和 NEBNext 操作流程。所使用的建库试剂如下：NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 配套试剂盒（Oxford Nanopore Technologies）、Oxford Nanopore Technologies Native Barcoding Expansion kits 1-12（EXP-NBD104）、13-24 (EXP-NBD114)、Ligation Sequencing Kit（EXP-NBD114）、Ligation Sequencing Kit（SQK-LSK109）和 SFB Expansion Kit（EXP-SFB001）。使用 R9.4.1 flow cells 在 GridION 仪器上进行测序。Reads 数被向下抽样（seqtk）至指定值，并使用 ARTIC Network nCoV-19 生物信息流程生成共有序列基因组。使用 Quast 将共有序列基因组与 SARS-CoV-2 参考序列进行比对获得基因组覆盖率。在覆盖率达到 100 倍时共有序列中仅缺失了最 5' 和 3' 的区域（约 120 个核苷酸）。

SARS-CoV-2 RT-PCR 扩增性能优越。起始样本是 100 ng 人类通用参考 RNA（ThermoFisher QS0639）中的 10 - 10,000 份 SARS-CoV-2 病毒 gRNA 拷贝（ATCC VR-1986 和 VR-1991）。使用 NEBNext 已平衡的 ARTIC SARS-CoV-2 引物池对起始样本进行多重扩增子扩增。使用 Qubit™ dsDNA BR Assay Kit（ThermoFisher Q32850）测定平均扩增子产量。

适用于 Oxford Nanopore Technologies 测序的 NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 工作流程