Monarch® 高分子量 DNA 提取试剂盒（细胞和血液）为从细胞和血液中提取完整的高分子量（HMW） gDNA 提供了快速的操作流程。该试剂盒利用标准的实验仪器，将以下步骤整合优化，加速了提取过程。实验流程包括：将细胞温和裂解、根据需要提取长度不同的 DNA 片段、以及将 DNA 附着于大玻璃珠表面。根据标准流程提取的 DNA 在 50-250 kb 之间，如果将离心速度降到最低，提取的 DNA 可达 Mb 范围。纯化后的 DNA 产量和纯度极高，且几乎完全不含 RNA。细胞样品的提取时间仅为 30 分钟，血液样本需要红细胞裂解，可在 60 分钟内提取完成。A260 / A280 检测纯度为 1.80-1.90，A260 / A230 检测纯度为 2.2-2.5，实验操作简单、重复性好，纯化后的 HMW DNA 适用于多种下游应用，包括长片段测序（Oxford NanoporeTechnologies®和 PacificBiosciences®），光学图谱（BionanoGenomics®）和 Linked-Reads 基因组组装。
图 1：使用 Monarch 高分子量 DNA 提取试剂盒从细胞中提取纯化 HMW DNA 的操作流程
图 2：使用 Monarch 高分子量 DNA 提取试剂盒从血液中提取纯化 HMW DNA 的操作流程
图 3：Monarch 高分子量 DNA 提取试剂盒从血液和细胞中提取 HMW DNA 的重复性好
使用 Monarch® 高分子量 DNA 提取试剂盒（细胞和血液）提取 DNA。提取样品为 1 x 106 新鲜 HEK293 细胞和 500 µl 新鲜人血样，按照试剂盒说明使用电泳图上方标注的离心速度进行制备。从平行试验样本中分别取 500 ng DNA 产物通过 PFGE 分离（在 BioRad® CHEF-DR® III 系统上，使用 1％ 琼脂糖凝胶，6 V / cm，13℃ 电泳 20 小时，切换时间为 0.5-94 秒）。各样品的产量和纯度见下表标注。分子量标准为 Lambda PFG Ladder（NEB＃N0341）。
图 4：在从细胞和血液中提取 HMW 基因组 DNA 的裂解过程中，使用不同的离心速度可调节提取片段长度
将 1 x 106 HEK 293细胞和 500 μl 新鲜人血样一式两份提取 HMW DNA。在裂解步骤中，按照图中标注的速度离心样品，以控制 DNA 的片段化。从平行实验样本中取等量的 DNA 产物（细胞：500 ng；血液：650 ng）通过 PFGE 分离（在 BioRad® CHEF-DR® III 系统上，使用 1％ 琼脂糖凝胶，6 V / cm，13℃ 电泳 20 小时，切换时间为 0.5-94 秒）。各样品的产量、纯度和 DIN 值见下表标注。分子量标准为 Lambda PFG Ladder 和 Lambda DNA-Hind III 消化 (NEB #T3041 and #N3012) 。
图 5：细胞和血液样本上样量与 DNA 产量的线性相关性
根据说明书操作方案，将 HEK293 培养细胞和来自不同供体的新鲜人血样作为样品提取 HMW DNA 并记录产量数据，裂解步骤中离心速度为 2,000 rpm。将原始样品稀释成 5 个不同的浓度，以覆盖建议上样量范围。细胞样品（≤5x105）和血液样品（<500 µl）使用低样品量推荐的上样体积进行纯化。在测量范围内，上样量与产量呈高度线性相关。
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