V8蛋白酶属于丝氨酸蛋白酶家族，能特异水解谷氨酸或天冬氨酸残基羧基侧肽键。

在pH 7.8的NH₄HCO₃和pH 4.0的CH₃COONH₄缓冲液中识别并切割Glu羧基端肽键；

在pH 7.8的磷酸盐缓冲液中识别并切割Glu或Asp羧基端肽键，且对Glu的水解速率高于Asp。

V8蛋白酶在pH4.0-10.0之间均有活性，最适pH为8.0-8.5。在进行蛋白质酶切测序、肽图谱分析和肽质量指纹图谱分析中使用时，可以单独使用或与其他蛋白酶混合使用。V8蛋白酶的抑制剂有二异丙基氟磷酸(DFP)、α2- 巨球蛋白和Nα-P-甲苯磺酰基-L-赖氨酸氯甲基酮(TLCK)。

使用方法：

1）使用前注意
可按使用量分装以最大限度避免污染或自切。
2）目的蛋白溶解
用酶切buffer溶解目的蛋白，例如25-50mM NH₄HCO₃ pH7.8，若溶解度不好对目的蛋白变性，添加尿素、SDS、DTT或加热。尿素和SDS对V8蛋白酶的影响见表一。
3）酶切
V8蛋白酶和目的蛋白推荐比例为1/20-1/100(W/W)，25℃或37℃酶切2-18 h。

表一：V8蛋白酶在含有不同浓度变性剂，尿素25℃2h，SDS25℃12h的稳定性
（注：V8蛋白酶0.5mg/ml，50mM Tris-HCl pH8.0）