Discover-sc Single Cell Kit
● 高灵敏度:可以从单个细胞或者极微量的基因组样本中实现全基因组扩增。
● 高覆盖度:单细胞基因组经扩增后可达到95%以上的覆盖度。
● 高均一度:基于无偏好性MDA的扩增,可实现全基因组的均一扩增。
● 高保真度:Phi29 DNA聚合酶具有优于目前大多数高保真酶的保真度。
● 高 产 量:6-8小时的反应可以产生30-40 µg的基因组DNA。
● 操作简单:仅需3步反应,操作时间少于10分钟。
● 设备要求低:只需水浴锅即可完成整个反应。
扩增产品的广泛适用性
Discover-sc Single Cell Kit扩增产物分布于2-100 kb,平均产物大小
大于20 kb,广泛适用于二代测序、大片段拷贝数变异分析、微卫星分析、
qPCR分析、基因芯片分析、Array CGH等多种下游分析。左图是Di
scover-sc单细胞试剂盒扩增产物电泳结果。
M:marker;
C:单细胞扩增产物;
D:基因组扩增产物;G:未经扩增的基因组DNA。
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反应体系的高灵敏度!高覆盖度!高均一度!
Discover-sc Single Cell Kit使用优化的反应体系,可以实现单细胞的全基因组扩增,在保证覆盖度与均一度的情况下,对纯化的真核生物基因组DNA的扩增灵敏度可达1 ng,细菌基因组可达10 pg。右图是Discover-sc Single Cell Kit全基因组扩增产物均一度与覆盖度检测结果。使用分布于不同染色体的8对引物通过多重PCR检测Discover-sc Single Cell Kit全基因组扩增产物均一度与覆盖度。扩增产物显示与未扩增基因组一致的均一度与覆盖度。
M:marker;
C:单细胞扩增产物;
D:基因组扩增产物;
G:未经扩增的基因组DNA;
NC:阴性对照。
极高的扩增产量
Discover-sc Single Cell Kit单个扩增反应可以产生30-40 µg的全基因组DNA,可以进行大量的平行实验分析。下图是分别以单细胞和10 ng纯化的基因组DNA为起始模板的扩增产物累积曲线图。
稳定的反应体系!均匀的产物累积!
Discover-sc Single Cell Kit可以在微量样本的扩增中,实现产物均匀累积,扩增可以根据时间及产量需要在不同时间结束并拿到高覆盖度高均一度的全基因组DNA。并且在30℃下反应24小时不影响产物质量。右图是单细胞经不同时间扩增后产物基因组覆盖度与均一度检测结果。
M:Marker;
G:未经扩增的基因组DNA;
NC:阴性对照。
超指数的扩增原理
超简易的操作流程
Discover-sc Single Cell Kit是基于多重链置换扩增(MDA)的Phi29等温扩增体系。Phi29DNA聚合酶是从噬菌体中克隆的DNA聚合酶,具有很强的链置换活性,可以在体外进行不依赖于热循环的恒温DNA聚合反应,单次聚合反应可以实现长达100 kb的连续聚合延伸。Phi29 DNA聚合酶具有很强的3’-5’外切酶活性,这保证了DNA合成的高保真性,Phi29 DNA聚合酶的保真度是Taq酶的1000倍,高于目前绝大多数高保真酶的保真度。本试剂盒使用优化的Phi29 DNA聚合酶反应体系实现高灵敏度的单细胞全基因组恒温扩增。适用于从单细胞、少量组织或者微量纯化的基因组DNA进行全基因组扩增,以得到大量的高覆盖度的基因组DNA。
组分 | N601-01 (24 rxn) | N601-02 (96 rxn) |
Discover-sc DNA Polymerse | 48 μl | 192 μl |
Discover-sc Reaction Buffer | 750 μl | 3×1 ml |
Buffer D | 1 ml | 2×1 ml |
Buffer N | 1 ml | 2×1 ml |
DTT, 1 M | 1 ml | 1 ml |
PBS | 1 ml | 2×1 ml |
H2O | 1 ml | 2×1 ml |
Discover-sc Single Cell Kit于干冰中寄送,请在收到本试剂盒之后立即将所有组分储存于-20℃恒温冰箱中,避免储存在自动除霜冰箱,在正确的储存与操作下,本试剂盒质量保证6个月。如需更长期储存请-70℃以下存放。
1、没有扩增产物
A.基因组DNA样本中含有反应抑制成分
纯化或者稀释DNA样品。如果样品纯化过程中有乙醇沉淀或漂洗步骤,样品中残留的酒精会抑制反应,纯化过程中要让酒精充分挥发。
B.反应温度过高
反应温度应控制在30℃,过高的温度会使聚合酶失活,如果使用具有热盖功能的PCR仪进行反应,请将热盖温度设为70℃。
2、扩增产生10-40 µg DNA,但检测到部分染色体座位或等位基因丢失。
A.对于以基因组DNA为起始模板的反应:
基因组DNA存在降解,使用完整的DNA作为模板;使用更多量的DNA做为模板。
B.对于以细胞作为起始的反应:
细胞存在凋亡或者细胞被固定过导致DNA降解;细胞存在难以被裂解的细胞壁(如植物细胞)不适合直接作为起始材料。
3、阴性对照扩增产生10-40 µg DNA,但下游检测结果为阴性(如qPCR)
无模板的阴性对照反应中,由引物的随机聚合延伸产生的高分子量DNA产物,这种产物不影响目的产物的质量及下游分析。
4、阴性对照扩增产生10-40 µg DNA,且下游检测结果为阳性(如qPCR)。
反应被外源DNA污染,由于本反应对微量DNA非常敏感,替换掉所有可能被DNA污染的试剂及用品。
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