Ribo-offTM rRNA Depletion Kit (Bacteria)
用于革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌的rRNA去除
以上表格为1 μg不同的细菌Total RNA同时用Ribo-offTM rRNA Depletion Kit (Bacteria)(Vazyme #N407)和Ribo-Zero rRNA Removal Kit (Bacteria) (Illumina,MRZB12424)去除rRNA,并用VAHTS Total RNA-seq (H/M/R) Library Prep Kit(Vazyme #NR603)进行后续的文库构建,可以看出N407有优异的rRNA去除效率。
Ribo-offTM rRNA Depletion Kit (Bacteria)是针对革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌总RNA中去除rRNA的试剂盒。本试剂盒适用于起始量模板为1-5 μg的革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌总RNA,总RNA样本经过rRNA与探针杂交、RNase H消化、DNaseⅠ消化等步骤,最终将rRNA(包括16 S和23 S rRNA)从总RNA中去除,保留mRNA和其它非编码RNA,可用于LncRNA等非编码RNA的分析;该试剂盒同时适用于完整的和部分降解的RNA样本(例如FFPE RNA),所得的产物适用于RNA文库及其他实验。
常见问题与解决方案
1、如果纯化产物用于文库构建,但是使用的是Nuclease-free H2O洗脱的,如何操作?
若条件允许,加入等体积2 ×Frag/Prime Buffer,之后反应体系均放大,直至做到纯化步骤,恢复体系,也可以再次使用VAHTSTM RNA Clean Beads (Vazyme #N412)进行纯化,最后用Frag/Prime Buffer洗脱。
2、纯化产物可以保存多久?
纯化产物可以在-20°C保存一天,在-80°C保存一个月。
3、如果文库浓度过低,可以从哪些角度去寻找原因并如何改进?
以高质量的RNA样品为模板构建得到的文库浓度都能达到上机测序要求,如果无法提供合格的RNA样品,可尝试使用以下方法弥补:
4、本试剂盒是否适合用于small RNA文库制备?
不适用。因为small RNA的长度仅为22 nt左右,而磁珠抓取片段最低为100 bp以上,无法有效富集到small RNA片段。
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