链特异性转录组建库
VAHTSTM Stranded mRNA-seq Library Prep Kit for Illumina®
● 保留了mRNA的链方向性,更加准确的获得基因的结构以及基因表达信息
● 对于复杂植物模板具有很高的成功率
● 建库流程与Illumina TruSeq Stranded mRNA Sample Prep Kit相同
● 优化的大片段建库方案
● 测序数据与Illumina试剂具有高度的一致性
图1. 1 μg universal human reference RNA分别用VAHTSTM mRNA-seq v2 Library Prep Kit for Illumina®、 VAHTSTM Stranded mRNA-seq Library Prep Kit for Illumina®、 llumina TruSeq Stranded RNA Sample Preparation Kit构建文库,用Hiseq 2500测序。可以看到,链特异性文库有超过99%的Reads比对到正义链上。
图2. 1 μg (A) 或100 ng (B) universal human reference RNA分别用VAHTSTM Stranded mRNA-seq Library Prep Kit for Illumina®以及Illumina TruSeq Stranded RNA Sample Preparation Kit构建文库,用Hiseq 2500测序,分析数据均一性分布。可以看出,本产品构建的文库数据分布均匀,没有5’或3’偏好性,并且和Illumina试剂盒高度一致。
图3. 1 μg 或100 ng universal human reference RNA分别用VAHTSTM Stranded mRNA-seq Library Prep Kit for Illumina®以及llumina TruSeq Stranded RNA Sample Preparation Kit构建文库,用Hiseq 2500测序,两两比较表达重复相关性, 以spearman相关系数r表示。可以看出,1 μg (A)、 100 ng (B)模板量下Vazyme VAHTSTM和Illumina TruSeq之间以及用Vazyme VAHTSTM建库1 μg和100 ng (C)之间的相关系数r均大于0.97,说明具有很高的表达重复相关性。
VAHTSTM Stranded mRNA-seq Library Prep Kit for Illumina®适用于起始模板为0.1-1 μg总RNA的链特异性转录组文库构建。与常规转录组文库构建不同的是,在第二链cDNA合成时,掺入dUTP标记第二链; PCR前将标记的第二链模板用UDG酶消化,使得最终的测序信息都来自于第一链cDNA,从而保留了mRNA的链方向性。测序后的数据分析可确定转录本是来自正义还是反义DNA链。本产品的模板适应性广泛,对于植物样本具有很高的成功率。 本产品不仅提供与Illumina TruSeq Stranded mRNA Sample Preparation Kit相同的建库流程 (插入片段150-200 bp), 还针对插入片段大于200 bp的文库提供优化的打断及分选条件。用本产品构建的文库在数据产出及数据质量上均与Illumina官方试剂盒保持高度的一致性。
组分 | NR602-01 (24 rxn) | NR602-02 (96 rxn) | |
Box 1 | mRNA Capture Beads | 1.2 ml | 4.8 ml |
Beads Binding Buffer | 1.2 ml | 4.8 ml | |
Beads Wash Buffer | 9.6 ml | 38.4 ml | |
Tris Buffer | 1.2 ml | 4.8 ml | |
Box 2 | Frag/Prime Buffer | 444 μl | 2 × 888 μl |
Actinomycin D (5 mg/ml) | 24 μl | 96 μl | |
1st Strand Buffer | 144 μl | 576 μl | |
1st Strand Enzyme Mix | 48 μl | 192 μl | |
2nd Strand Marking Buffer | 480 μl | 2 × 960 μl | |
2nd Strand/End Repair Enzyme Mix | 120 μl | 480 μl | |
Box 3 | dA-Tailing Buffer Mix | 240 μl | 960 μl |
dA-Tailing Enzyme Mix | 60 μl | 240 μl | |
Ligation Mix | 60 μl | 240 μl | |
Stop Ligation Mix | 120 μl | 480 μl | |
PCR Primer Mix | 120 μl | 480 μl | |
Amplification Mix | 600 μl | 4 × 600 μl | |
Heat-labile UDG | 24 μl | 96 μl |
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