HaloTag® Fluorescent Ligand（HaloTag®荧光配基）具有多种功能，包括荧光标记、亲和标签和连接至固相载体。在生理条件下，HaloTag®蛋白与配基间的共价结合十分迅速，高度特异且不可逆。研究者可以将氯代烷基团（与HaloTag®蛋白共价结合的基团）连接至任一具有相容化学基团的化合物或载体表面，创造无限可能的应用。

用于细胞成像的HaloTag® Fluorescent Ligand

可透过细胞膜的荧光配基（快速标记步骤）：

• HaloTag® TMR Ligand (555Ex/585Em)
• HaloTag® Oregon Green® Ligand (496Ex/516Em)
• HaloTag® diAcFAM Ligand (494Ex/526Em)
• HaloTag® Coumarin Ligand (353Ex/434Em)

   

用于细胞表面标记的不能透过细胞膜的荧光配基（快速标记步骤）：

• HaloTag® Alexa Fluor® 488 Ligand (494Ex/517Em)
• HaloTag® Alexa Fluor® 660 Ligand (663Ex/690Em)

可透过细胞膜的荧光配基（“无漂洗”步骤）：

• HaloTag® TMRDirect™ Ligand (555Ex/585Em)
• HaloTag® R110Direct™ Ligand (502Ex/527Em)

Alexa Fluor® 488 Ligand不能穿透细胞膜，用于标记细胞表面蛋白。TMR Ligand, Oregon Green® Ligand, diAcFAM Ligand 和Coumarin Ligand容易透过细胞膜，用于标记细胞内蛋白。

用于蛋白检测的HaloTag® Ligand：
HaloTag® Biotin Ligand是由一段12个原子的反应接头（reactive linker）连接到生物素分子上构成的，用作捕获HaloTag®融合蛋白的亲和标签。此配基依靠生物素-链霉亲和素之间强劲的相互作用实现蛋白捕获。

HaloTag® PEG-Biotin Ligand包含一段HaloTag® Biotin Ligand里没有的间隔臂（spacer）。这个间隔臂显著延长了链霉亲和素与HaloTag®蛋白之间接头的长度，并增加了接头的柔韧度，利于在固相化或衍生化过程中保持与HaloTag®蛋白融合的目的蛋白的活性。