此系统含有3个载体(pQE-16、pQE-60和pQE-70),用于表达C端带有6xHis标签的蛋白,推荐用于开放阅读框含有“暂停位点”的蛋白,这可能导致成熟前终止。pQE-60和pQE-70使编码序列的原始起始密码子代替pQE载体的ATG,保护真实的蛋白N端。在构建两个载体时,通过PCR或突变在插入片段的ATG密码子处分别导入NcoI和SphI限制性位点。pQE-16可表达C端带有6xHis标签的DHFR融合蛋白。DHFR(二氢叶酸还原酶)可提高抗原性和稳定性,推荐用于低表达蛋白或易水解的短肽。由于DHFR自身在小鼠和兔中几乎没有免疫原性,DHFR融合蛋白非常适合表位筛选。